Ein Zeckenstich birgt die Gefahr, sich mit dem Frühsommer-Meningoenzephalitis-Virus (FSME-Virus) oder den Erregern der Lyme-Borreliose (s. nächster Beitrag) zu infizieren. FSME kann sich durch unspezifische Symptome und/oder schwere neurologische Krankheitsbilder wie Meningitiden, Enzephalitiden und Myelitiden zeigen. In Deutschland kommt FSME vor allem in Bayern und Baden-Württemberg vor – je nach Region sind dort 1 bis 4% aller Ixodes-ricinus-Zecken mit dem FSME-Virus infiziert. Die Behandlung der FSME erfolgt symptomatisch, eine antivirale Therapie gibt es nicht. Die in Mitteleuropa erworbene FSME hat eine Letalität von 0,5 %, die im höheren Lebensalter auf mehr als 2 % steigt. In Endemiegebieten bietet die aktive Immunisierung mit inaktivierten FSME-Viren, für die in der EU zwei wirksame und sichere Impfstoffe zur Verfügung stehen, den wichtigsten Schutz vor FSME. Der Expositionsprophylaxe (Schutz vor Zeckenstichen) kommt ebenfalls eine große Bedeutung zu.